WinSCPにコンソールモードがあるのね

　WinSCPのインストールフォルダ（デフォルトではC:\Program Files\WinSCP以下）にインストールされている「WinSCP.com」を実行すると、WinSCPがコンソールモードで起動する（図1）。コンソールモードでは「open」や「get」、「put」といった各種コマンドを打ち込んで実行することで、ファイルの送受信やディレクトリの作成、パーミッションの変更といった各種処理を実行できる。

via sourceforge.jp

これは便利かも。